Jan Kotlarz wychował się na Kielecczyźnie. Jako nastolatek, po zakończeniu II Wojny Światowej, zaangażował się w działalność patriotyczną w organizacji młodzieżowej o nazwie „Młode Wojsko Polskie”.
W 1949 roku, w wieku osiemnastu lat, został aresztowany i wraz z całą zdekonspirowaną organizacją trafił do aresztu w Sandomierzu. Młodzi konspiratorzy, uznani przez komunistyczny sąd za wrogów reżimu, otrzymali wyroki od dziesięciu do piętnastu lat więzienia.
Jan Kotlarz spędził w więzieniach łącznie osiem lat – początkowo w Sandomierzu, potem w Rawiczu i w Strzelcach Opolskich – i opuścił więzienie dopiero w ramach amnestii ogłoszonej w 1956 roku.